Постоји неколико недостатака у коришћењу буџета у предузећу, а то су:
Потребно време. Стварање буџета може бити дуготрајно, посебно у лоше организованом окружењу у којем могу бити потребне бројне итерације буџета. Укључено време краће је ако постоји добро осмишљена процедура буџетирања, запослени су навикли на тај процес, а компанија користи буџетски софтвер. Временски захтев може бити необично велик ако постоји процес партиципативног буџетирања, с обзиром да овај систем укључује велики број запослених.
Играње система. Искусни менаџер може покушати да уведе заостатак у буџету, што подразумева намерно смањење процене прихода и повећање процена трошкова, тако да може лако постићи повољне разлике у односу на буџет. То може бити озбиљан проблем и захтева значајан надзор да би се уочио и елиминисао.
Криви за исходе. Ако одељење не постигне своје буџетске резултате, руководилац одељења може кривити друге одељења која му пружају услуге што нису адекватно подржали његово одељење.
Додјела трошкова. Буџетом се може прописати да се одређени износи режијских трошкова додељују различитим одељењима, а руководиоци тих одељења могу да се позабаве употребљеним методама расподеле.
Потроши или изгуби. Ако је одељењу дозвољен одређени износ трошкова и ако се не чини да ће одељење потрошити сва средства током буџетског периода, управник одељења може у последњем тренутку одобрити прекомерне трошкове, на основу тога што ће му се смањити буџет у наредном периоду уколико не потроши све одобрено у текућем буџету.
Уважава само финансијске резултате. Буџети се првенствено баве расподјелом готовине за одређене активности и очекиваним исходом пословних трансакција - не баве се субјективнијим питањима, попут квалитета производа или услуга које се пружају купцима. Такође не обухвата никакав преглед ризика којима је посао изложен. Ова друга питања могу се навести као део буџета, али то се обично не ради.
Стратешка ригидност. Када компанија креира годишњи буџет, виши менаџерски тим може одлучити да ће фокус организације за наредну годину бити у потпуности на испуњавању циљева наведених у буџету. То може представљати проблем ако се тржиште негде током буџетске године помери у другом смеру. У овом случају, компанија би требало да се усмери са тржиштем, уместо да се држи буџета.
