Програмски трошкови су они трошкови настали у циљу испоруке одређених програма у складу са мисијом непрофитног ентитета. Ови трошкови се разликују од осталих главних категорија трошкова за непрофитне организације, а то су трошкови прикупљања средстава и трошкови управљања и администрације. Донатори желе да виде велики проценат трошкова који настају у области програмских трошкова, што указује на висок ниво ефикасности мисије.
