Бројни су озбиљни проблеми повезани са буџетирањем, који укључују играње, прекомерно време потребно за стварање буџета и нетачност у буџетирању. Детаљније, проблеми са буџетирањем укључују следеће:
Нетачност. Буџет се заснива на скупу претпоставки које углавном нису превише удаљене од услова пословања под којима је формулисан. Ако се пословно окружење промени у било којој значајној мери, приходи компаније или структура трошкова могу се променити тако радикално да ће стварни резултати брзо одступити од очекивања зацртаних у буџету. Ово стање је посебан проблем када дође до наглог економског пада, јер буџет одобрава одређени ниво потрошње који се више не може подржати под нагло смањеним нивоом прихода. Ако менаџмент не делује брзо да надјача буџет, менаџери ће и даље трошити у складу са својим првобитним буџетским овлашћењима, чиме ће се нарушити свака могућност зараде. Остали услови због којих резултати такође могу нагло да се разликују од очекиваних буџета укључују промене каматних стопа, девизних курсева и цена робе.
Ригидно доношење одлука. Процес буџетирања фокусира пажњу менаџерског тима само на стратегију током периода формулисања буџета пред крај фискалне године. У остатку године не постоји процедурално опредељење за поновни преглед стратегије. Дакле, ако дође до фундаменталне промене на тржишту непосредно након завршетка буџета, не постоји систем који би формално преиспитао ситуацију и извршио промене, чиме би се компанија ставила у неповољнији положај за своје спретније конкуренте.
Потребно време. Стварање буџета може бити дуготрајно, посебно у лоше организованом окружењу у којем могу бити потребне бројне итерације буџета. Укључено време краће је ако постоји добро осмишљена процедура буџетирања, запослени су навикли на тај процес, а компанија користи буџетски софтвер. Потребан посао може бити опсежнији ако се услови пословања непрестано мењају, што захтева поновљене понављања буџетског модела.
Играње система. Искусни менаџер може покушати да уведе заостатак у буџету, што подразумева намерно смањење процене прихода и повећање процена трошкова, тако да може лако постићи повољне разлике у односу на буџет. То може бити озбиљан проблем и захтева значајан надзор да би се уочио и елиминисао. Даље, свако ко користи игре у основи се подстиче да се неетично понаша, што може довести до додатних потешкоћа повезаних са преварама.
Криви за исходе. Ако одељење не постигне своје буџетске резултате, руководилац одељења може кривити било који други одељење које му пружа услуге јер није адекватно подржало његово одељење.
Додјела трошкова. Буџетом се може прописати да се одређени износи режијских трошкова додељују различитим одељењима, а руководиоци тих одељења могу да се позабаве употребљеним методама расподеле. Ово је посебан проблем када одељења не смеју заменити услуге које се пружају у компанији са јефтинијим услугама које су доступне другде.
Користи или изгуби. Ако је одељењу дозвољен одређени износ трошкова и ако се не чини да ће одељење потрошити сва средства током буџетског периода, директор одељења може у последњем тренутку одобрити прекомерне трошкове, с образложењем да ће му се смањити буџет у наредном периоду уколико не потроши све одобрене износе. Дакле, буџет тежи да менаџери верују да имају право на одређени износ финансирања сваке године, без обзира на стварну потребу за тим средствима.
Уважава само финансијске резултате. Природа буџета је нумеричка, тако да има тенденцију да пажњу управљања усмери на квантитативне аспекте пословања; то обично значи усредсређеност на побољшање или одржавање профитабилности. У стварности, купце није брига за профит предузећа - од компаније ће куповати само ако добију добру услугу и добро конструисане производе по поштеној цени. Нажалост, прилично је тешко ове концепте уградити у буџет, јер су они квалитативне природе. Дакле, концепт буџетирања не мора нужно подржавати потребе купаца.
Овде запажени проблеми су широко распрострањени и тешко их је превазићи.